Créé par arrêté préfectoral du 14 décembre 2005, l'EPFL de la Savoie est aujourd'hui organisé en 4 pôles d'intervention: Un pôle "Action foncière" pour la négociation, acquisition et revente du foncier - Un pôle "Administratif" - Un pôle "Gestion du patrimoine" pour la gestion des biens propriétés de l'EPFL, dont la gestion interne des travaux de démolition, désamiantage et dépollution - Un pôle "Développement" pour notamment les études de gisement foncier. Ce dernier pôle pilote également l'observatoire des friches économiques de Savoie en cours de mise en place par l'EPFL depuis 2017. Depuis début 2019, le pôle "Gestion du patrimoine" développe également une approche d'économie circulaire sur ses chantiers de démolition. L'EPFL de la Savoie est constitué d'une équipe de 14 personnes ayant une bonne connaissance du territoire savoyard et de ses enjeux.